Se conoce que hacia el año 595 D.C. se realizo la primera invasión de los indios Chorotegas, provenientes de México al territorio actual de Nicaragua, entre los cuales se considera estaban los primeros pobladores de la región de Matagalpa, su idioma era el Nahualt del cual se desprende el Matagalpa como lengua propia.
La etimología que se le ha dado al nombre de Matagalpa es sacado de la lengua Nahualt, y se ha propuesto, entre otros, las siguientes:
- Matlatl-calli-pan: "La Casa de las Redes" por el Ing. Alfonso Valle
- Matlactli-calli-pan:"En las diez casas o familias" por el Profesor Luis Cuadra Ceas.
- Matlati-galpa: "Tierra de Honderos" por el Dr. Alejandro Dávila Bolaños.
- Matlat-galpa: "Cabeza Mayor" o "Cabeza Principal", indicaba la más importante población de las septentrionales, por el historiador Don Jerónimo Pérez
Sin embargo, algunos historiadores difieren del origen Chorotegano y afirman que el origen del poblado es Chibcha, procedentes del norte de Sur América, concretamente de Colombia. Teoría de la cual se origina otra acepción:
- Matlatl-galpa: "Vamos a las Piedras" por el historiados Eddy Kühl
